2000년대 중반에 들어서부터 원고량이 일정하지 않거나 휴재가 잦았는데 몸이 매우 좋지 않았다고 한다. 2004년에 건강 이상으로 공식 홈페이지를 일시 동결했고, 결국 2007년에는 자궁 질환으로 활동을 일시 중단했다. 병명은 미네쿠라 본인이 블로그에 언급한 바에 따르면 선천성 자궁비대증에 자궁근종이 겹쳤다고 하며, 결국 치료를 위해 자궁을 완전히 적출했다고 한다. 블로그에 이 사실을 알리며 '아이는 낳을 수 없게 되었지만 괜찮아요, 작품 속의 많은 내 아이들이 있으니까.'라고 밝은 어조로 말했다. 치료 이후 한동안 요양하다가 2007년 하반기부터 활동을 재개했다. 이 수술을 계기로 2008년에 고교 시절부터 16년 동안 교제해온 동급생과 혼인신고를 했다고 한다.

하지만 이후에도 계속 연재 활동 외에도 제작이 예정된 최유기 외전 OVA 등 애니메이션 감수 작업이나 각종 이벤트 등 여러 활동이 겹치다 보니 누적된 과로가 건강 악화를 가져왔는지 2010년 3월경에는 안질환[2]을 앓았고, 2010년 4월 말경에는 과거에 발병했던 자궁근종이 원인인 것으로 추정되는 섬유성 골이형성증 진단을 받았다고 한다. 병원의 소견에 따르면 호르몬 이상과 관련이 있는 듯하며, 수술이 필요한 상황이라고 한다.

섬유성 골이형성증 진단을 받았다는 소식이 알려지자 한국을 비롯한 세계 각국의 팬들이 미네쿠라를 응원하는 메세지를 담은[3] 응원 팬 북을 발행해 이치진샤 편집부를 통해 전달하였으며, 미네쿠라 본인도 이를 전달받은 후 블로그를 통해 인증샷과 함께 응원 메세지를 보내준 팬들에게 감사의 말을 올렸다. 하지만 2010년 9월 28일자로 블로그에 지병인 섬유성 골이형성증 수술로 연재 활동을 한동안 중단하게 되었다는 공지 겸 사과문을 올렸는데, 뼈에 형성된 종양이 우측 상악골 부근에까지 번진 바람에 종양 제거 수술 및 뼈 이식+인공형성 수술을 받아야 하는 상당히 심각한 상황이라고 한다.

결국 2011년 1월 3일 퇴원은 했으나 턱 등 얼굴에 퍼진 종양을 제거하느라 얼굴 골격 절반을 잃었다고 한다. 눈뼈를 깎아내고, 코와 입 사이의 뼈도 제거하고, 우측 얼굴이 전체적으로 함몰되었다. 검사 결과 정확한 병명은 에나멜 상피종이라는 듯. 그나마 본인이 의욕을 보이고 있으니 이 정도면 멘탈갑이라고 봐도 무방하다. 그래서인지 아니면 장기간 휴재가 적응된 건지 팬들은 연재 이전에 건강부터 챙기라고 할 정도다.

에나멜 상피종 수술 이후로도 활동은 꾸준히 하고 있으나, 본인의 공식 트위터에 따르면 기압 변화로 인해 수술 부위가 수축되는 이상이 생겨 제로섬 2013년 2월호의 최유기 리로드 블래스트 휴재를 알린 적이 있었고 그 후에도 간간이 트위터를 통해 휴재를 알리는 등 수술 후에도 여러 후유증을 겪고 있는 듯하다.

2019년 이후 연재가 중단되고 트위터 갱신도 정지된 상태였는데 2021년 4월 16일 2년 만에 근황을 밝혔다. 여전히 건강이 좋지 않아 척추관협착증에 이어 상악골 결손, 한쪽 귀 청력 손실, 저작 증후군, 시력 저하에다 눈물주머니 수술을 받아야 한다고 밝혀 안타까움을 사고 있다. 너무 힘들어서 그런지 만화업을 이어가는 게 옳았을까 싶은 회의가 들었다고 밝혔다. 팬덤은 이제 연재는 괜찮으니 살아만 있어달라고 말할 정도다.  

그래도 2021년 이후 종종 일러스트 위주로 작품 활동을 이어가다가 2024년 9월부터 무려 5년만에 월간 코믹 ZERO-SUM을 통해 만화 최유기 RELOAD BLAST 연재 재개가 확정되면서 팬들을 열광케 했다. 

가짜광기디시충들도 눈물을 흘릴만큼 투병함